Quando o administrador instala um pacote RPM, o gerenciador de pacotes não se limita a instalar os arquivos, ele também mantém um banco de dados que armazena informações sobre todos os arquivos instalados. O banco de dados registra onde estão os arquivos e quais versões estão instaladas, assim, quando o usuário precisar instalar um pacote que necessite de um arquivo específico, ele saberá se esse pacote já existe ou precisa ser instalado. Ao remover um pacote, o gerenciador consultará o banco de dados, e assim obterá uma lista de quais arquivos que podem ser removidos.

Em algumas situações especiais, o banco de dados pode ficar corrompido. Para isso, o gerenciador de pacotes conta com funções especiais para recuperar a integridade deste banco, como será mostrado mais adiante.